In Yu-Gi-Oh! Duel Arena beweist du dein taktisches Geschick in verschiedenen Spielmodi. Als Einsteiger bietet sich der Einzelspielermodus an, in dem du auf zahlreiche computergesteuerte Kontrahenten triffst. Hierbei hast du die Möglichkeit, Missionen abzuschließen oder dich in einer virtuellen Arena durchzukämpfen. In jedem Duell, unabhängig vom Spielmodus, brauchst du 100 Ausdauerpunkte, um teilnehmen zu können. Die laden sich im Laufe der Zeit automatisch wieder auf, lassen sich aber auch mit Hilfe von Credits auffüllen. Zu Beginn eines Duells wählst du im Strategie-Kartenspiel ein geeignetes Deck aus, wobei dir eigene und vorgefertigte Varianten zur Verfügung stehen. Nun versuchst du unter anderem die Life Points deines Gegners zu reduzieren, indem du spezielle Effekte einzusetzt. Bei der Planung deiner Züge musst du bestimmte Regeln befolgen und eine gewisse Zeitspanne einhalten. Gelingt es dir, deine Ziele zu erreichen und als Sieger vom Platz zu gehen, darfst du dich über wertvolle Belohnungen freuen.
Im Einzelspielermodus von Yu-Gi-Oh! Duel Arena bleiben dir und deinem Kontrahenten jeweils rund fünf Minuten, um eine Karte auszuspielen. Dafür stehen dir drei verschiedene Kategorien zur Auswahl: Monster-, Zauber- und Fallen-Karten. Jede Art besitzt bestimmte Fähigkeiten und eignet sich demnach für verschiedene Aktionen im Duell. Das erlaubt es dir, gezielt Strategien zu entwickeln, um deine Gegner zu bezwingen. Wenn du ein wenig geübter bist und die KI-Gegner satt hast, wechselst du einfach in den Arenamodus. Hier wartet eine ganze Liste an menschlichen Duellanten auf dich, aus der jeweils ein Gegenspieler ausgewählt wird.
Statt dich zufälligen Kontrahenten zu stellen, kannst du im Sammelkartenspiel Yu-Gi-Oh! Duel Arena auch gegen deine Freunde antreten. In diesem Modus spielst du vor allem aus Spaß an der Freude, denn Belohnungen gibt's hierbei nicht zu holen. Dafür erwarteten dich entspannte Duelle, an denen du mit einem beliebigen Deck teilnimmst und wo du sogar ansonsten verbotene oder limitierte Karten zum Einsatz bringen kannst.