Vor tausenden von Jahren fiel der schreckliche Drachenlord Elga über das Land Dragotaka her und terrorisierte die Menschen. Zum Glück ist es ihnen gelungen, das grausame Wesen in die Flucht zu schlagen und sich langsam von dem zerstörerischen Angriff zu erholen. Doch kaum scheint Ruhe und Zufriedenheit in der Welt von Dragon Saga eingekehrt zu sein, da sehen die Einwohner schon einer noch größeren Gefahr entgegen. Die böse Hexe Paris schmiedet finstere Pläne und zu allem Überfluss hat sie sich auch noch mit Elga zusammengeschlossen.
Nur die Helden des Drachenordens sind in der Lage, diese schier übermächtigen Feinde zu vernichten. In ihrem Bestreben, ihre Welt nicht kampflos aufzugeben, vereinen die beiden Rassen von Dragon Saga ihre Kräfte. Die Menschen und die Drakaner verfügen über unterschiedliche Stärken und Schwächen. Außerdem entscheidet die Klassenzugehörigkeit deines Helden unter anderem über die Städte und Quests, die dich in Dragon Saga erwarten sowie deine weitere Entwicklung im Laufe der Reise. Du schlüpfst in die Rolle eines Kriegers, Schurken, Schamanen oder einer Amazone und verpasst deinem Helden ein individuelles Äußeres. Du bestimmt den Haarstil und kleidest deinen Charakter in einer Vielzahl von Rüstungen oder Kostümen. Anschließend beziehst du ein eigenes Haus, das du ganz nach deinem Geschmack einrichtest.
Von hier aus machst du dich auf die gefährliche Reise durch Dragotaka, in dem sich nun zahlreiche Monster und Drachen tummeln. Sie stehen unter dem Befehl der Hexe Paris und versuchen dich in deinem Vorhaben aufzuhalten. Doch in Dragonica bist du nicht alleine unterwegs. Neben anderen Helden, mit denen du dich in Gilden verbünden kannst, bietet dir das MMORPG zwei Arten tierischer Begleiter. Du wählst zwischen einem treuen Weggefährten, der dir unter anderem einen Bonus auf deine Fähigkeiten verleiht, und einer kampfbereiten Kreatur, die es dir erlaubt auf ihr zu reiten.